Die ärztliche Verordnung einer Ernährungsberatung als Heilmittel (dann als "Ernährungstherapie" bezeichnet) kann nur für ganz spezifische Stoffwechselerkrankungen, wie die Mukoviszidose erfolgen. Eine allgemeinere Ernährungsberatung im Zusammenhang mit anderen gesundheitlichen Themen des Stoffwechsels (z. B. Gicht, Nahrungsmittelallergien, Fettleber, Adipositas u.a.) ist grundsätzlich nicht verordnungsfähig. Ein Arzt kann aber in freier Form die "medizinische Notwendigkeit" einer Ernährungsberatung bescheinigen. Es kann aber zum Beispiel auch formal über das sogenannte Muster 36 (Empfehlung zur verhaltensbezogenen Primärprävention) eine Beratung über die Krankenkasse angeregt wreden. Patienten sollten dann individuell mit der Krankenkasse eine Kostenbeteiligung abklären. Die Höhe der Beteiligung variiert von Kasse zu Kasse. Mitunter bieten Krankenkassen auch eigene Kurse und Beratungen an. 

Ausgenommen von dieser Vorgehensweise ist die Ernährungsberatung bei Diabetes, die als eine sogenannte Diabetes-Schulung im Rahmen von Behandlungsprogrammen stattfindet.